จักรพรรดิชาร์ลที่ 5 พระราชบิดาของพระเจ้าฟิลิปที่ 2 ทรงได้รับมรดกเป็นดินแดนหลายส่วนในยุโรปจากฝ่ายพระราชบิดาและฝ่ายพระราชมารดา คือ

• อารากอน ซาร์ดิเนีย ซิซิลี และเนเปิลส์ ของพระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 2 แห่งอารากอน (Ferdinand of Aragon, ค.ศ. 1452-1516)
• อาณาจักรกัสติยาและดินแดนในทวีปอเมริกาของพระนางอิซาเบลลา (Isabella of Castile, ค.ศ. 1451-1504)
• อาณาจักรออสเตรียของจักรพรรดิแมกซิมิเลียนที่ 1 (Maximilian I, ค.ศ. 1459-1519)
• ดินแดนฟรองช์-กองเต (Franche-Comté) ของพระนางแมรี (Mary of Burgundy, ค.ศ. 1457-1482)

หลังการสละราชสมบัติของจักรพรรดิชาลส์ที่ 5 ใน ค.ศ.1556 ดินแดนของพระองค์ส่วนหนึ่งได้ตกทอดมาสู่พระราชโอรส คือ พระเจ้าฟิลิปที่ 2 ซึ่งนอกจากการได้รับดินแดนเป็นมรดกแล้ว พระเจ้าฟิลิปที่ 2 ยังทรงดำเนินนโยบายขยายอำนาจของสเปน ยังผลให้จักรวรรดิสเปนในรัชสมัยของพระองค์มีอาณาเขตที่กว้างใหญ่ไพศาลมาก โดยจักรวรรดิสเปนในรัชสมัยของพระเจ้าฟิลิปที่ 2 ประกอบด้วยดินแดนต่างๆ คือ สเปน ดินแดนกลุ่มประเทศต่ำ (Low Countries) อิตาลี ดินแดนในทวีปอเมริกาซึ่งมีอาณาเขตดั้งแต่แม่น้ำรีโอ กรันเด (Rio Grande) ถึงเกาะเตียร์รา เดล ฟวยโก (Tierra del Fuego) หมู่เกาะฟิลิปปินส์ และโปรตุเกส ทั้งสเปนยังอ้างสิทธิเหนือดินแดนอาณานิคมของโปรตุเกส คือ ดินแดนในอเมริกาใต้และแอฟริกาอีกด้วย